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序列質(zhì)量

2025年05月02日 05:20

序列質(zhì)量的評(píng)估通常涉及多個(gè)方面。在 ChIP-seq 分析中,對(duì)原始數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控時(shí),可通過(guò)下載原始 FASTQ 數(shù)據(jù),使用 ShortRead 包進(jìn)行處理。首先加載 ShortRead 庫(kù),然后對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行子采樣,如從 FASTQ 文件中隨機(jī)抽取一定數(shù)量(如 100 萬(wàn)次)的 reads,以了解數(shù)據(jù)質(zhì)量。接著,可以使用熟悉的訪問(wèn)器函數(shù)評(píng)估 FASTQ 文件中的信息,如通過(guò) sread() 檢索 reads 序列,quality() 檢索 reads 質(zhì)量作為 ASCII 分?jǐn)?shù),id() 檢索 reads 的 ID。此外,還能通過(guò)一些函數(shù)和方法檢查整體讀取的質(zhì)量分?jǐn)?shù)、生成質(zhì)量分?jǐn)?shù)的直方圖以了解分?jǐn)?shù)分布,以及查看 reads 中 DNA 堿基的出現(xiàn)頻率和整個(gè)測(cè)序周期中 DNA 堿基的出現(xiàn)情況等。 趕緊點(diǎn)擊下面鏈接,再回歸一下超經(jīng)典作品詭秘之主吧!!
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