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序列質(zhì)量

2025年05月02日 05:20

序列質(zhì)量的評(píng)估通常涉及多個(gè)方面。在 ChIP-seq 分析中，對(duì)原始數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控時(shí)，可通過(guò)下載原始 FASTQ 數(shù)據(jù)，使用 ShortRead 包進(jìn)行處理。首先加載 ShortRead 庫(kù)，然后對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行子采樣，如從 FASTQ 文件中隨機(jī)抽取一定數(shù)量（如 100 萬(wàn)次）的 reads，以了解數(shù)據(jù)質(zhì)量。接著，可以使用熟悉的訪問(wèn)器函數(shù)評(píng)估 FASTQ 文件中的信息，如通過(guò) sread() 檢索 reads 序列，quality() 檢索 reads 質(zhì)量作為 ASCII 分?jǐn)?shù)，id() 檢索 reads 的 ID。此外，還能通過(guò)一些函數(shù)和方法檢查整體讀取的質(zhì)量分?jǐn)?shù)、生成質(zhì)量分?jǐn)?shù)的直方圖以了解分?jǐn)?shù)分布，以及查看 reads 中 DNA 堿基的出現(xiàn)頻率和整個(gè)測(cè)序周期中 DNA 堿基的出現(xiàn)情況等。趕緊點(diǎn)擊下面鏈接，再回歸一下超經(jīng)典作品《詭秘之主》吧！！

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